Изменения при неспецифическом язвенном колите очень разнообразны и зависят от стадии течения заболевания. В большинстве случаев изменения при неспецифическом язвенном колите первоначально локализуется в прямой кишке и постепенно распространяется на вышележащие отделы кишечника. Толстая кишка может поражаться диффузно на всем протяжении (тотальное поражение) или изолированно (сегментарное поражение). Воспаление начинается со слизистой оболочки кишечной стенки, а затем захватывает мышечный слой и серозу. Слизистая гиперемирована, отечна, с множеством геморрагий, кровоточащих эрозий и язв. Дно язв покрыто фибринозным налетом. Слизистая оболочка в окружности язвенных дефектов гипертрофируется, образуя псевдополипы (ложные полипы). Поверхность слизистой покрыта слизисто-гнойно-геморрагическим отделяемым. С прогрессированием воспаления кишечная стенка теряет свойственную ей эластичность, уплотняется и утолщается, суживав просвет кишки. В зоне язв возникает перфорация. При купировании патологического процесса «язвенные дефекты зпителизируются и рубцуются. Слизистая оболочка приобретает атрофичный вид. Кишка суживается и укорачивается.