Прогнозы для жизни при болезни Крона благоприятные. Тем не менее смертность для пациентов, у которых заболевание возникло в возрасте моложе 20 лет, достаточно высока, хотя абсолютное число умерших невысоко. Причинами смерти становятся инфекционные осложнения, периоперационные осложнения, электролитный дисбаланс и опухолевое поражение ЖКТ.
Вопросы качества жизни для пациентов с болезнью Крона очень актуальны, они во многом определяются стилем жизни, отношением к хирургическим вмешательствам, восприятием собственного тела. Зачастую потеря активности и общее недомогание больше влияют на качество жизни, нежели специфические гастроинтестинальные симптомы. С научной точки зрения успешным считается такой исход, при котором болезнь не накладывает ограничений на трудовую деятельность и сроки временной нетрудоспособности у пациентов сопоставимы с таковыми у группы контроля из практически здоровых людей. К сожалению, у пациентов с болезнью Крона часто отмечается ограничение способности к труду, повседневной деятельности, отдыху, способности вступать в межличностные и половые отношения. Большинству пациентов удается успешно адаптироваться, однако повторяющиеся атаки заболевания создают значительную стрессовую нагрузку, в связи с чем им необходима психологическая поддержка со стороны психолога и близких.