Провести дифференциальную диагностику между болезнью Крона и язвенным колитом бывает сложно даже для патологоанатомов, специализирующихся на заболеваниях ЖКТ. До сих пор специалисты не пришли к единому мнению о гистологических критериях диагностики этих двух заболеваний, так как между ними существует множество промежуточных состояний. У 5—10% пациентов устанавливается диагноз «неопределенный колит». В процессе развития заболевания возможно изменение его проявлений, что, в свою очередь, приводит к изменению диагноза, обычно — на болезнь Крона. В сложных случаях для диагностики используется совокупность гистологических, макроскопических, эндоскопических и рентгенологических признаков, а также анамнез заболевания и клиническая картина.
Окончательный диагноз устанавливается после резекции кишки и гистологического исследования слизистой. Если же доступны только материалы эндоскопической биопсии, для установления диагноза крайне важна эндоскопическая картина, поэтому результаты исследования следует обязательно обсудить с патологоанатомом. Возможна биопсия участка прямой кишки, где часто локализуется процесс при язвенном колите. Пятнистое воспаление характерно для болезни Крона, однако обработанный препарат с язвенным колитом может давать такую же картину. Поражение перианальной области также характерно для болезни Крона, хотя и у пациентов с язвенным колитом могут сформироваться криптожелезистые свищи и абсцессы. Лимфоидные инфильтраты в основании слизистой оболочки могут формироваться при тяжелом течении язвенного колита, однако это характерная черта болезни Крона, при которой они имеют трансмуральный характер. Для болезни Крона характерно сохранение бокаловидных клеток, а при язвенном колите обычно возникает их истощение (исключение составляет фульминантный язвенный колит, при котором истощение секреции муцина практически не развивается).