При внутрипросветном УЗИ прямой кишки применяют датчик, поворачивающийся на 360° внутри наполненного водой баллона для обеспечения акустического сопряжения. Ультразвуковая анатомия детально описана в руководствах путем исследования резецированных образцов и обобщения отражений сигнала, создаваемых поверхностями на границе анатомических структур. Наблюдаемые попеременно светлые и темные кольца соответствуют слоям стенки прямой кишки.
Для обеспечения осмотра сфинктеров заднего прохода анальное УЗИ через наполненный водой баллон проводят с помощью датчика на 10 МГц . Анатомия заднепроходного канала описана не так давно с помощью препаровки и сравнения данных с результатами МРТ. Слизистая оболочка заднепроходного канала в целом не видна при анальном УЗИ. Субэпителиальная ткань является гиперэхогенной, она окружена гипоэхогенной структурой — внутренним сфинктером заднего прохода. Ширина внутреннего сфинктера увеличивается с возрастом: в норме у пациентов младше 55 лет показатель составляет 2,4-2,7 мм, впоследствии нормальный диапазон составляет 2,8—3,4 мм. С увеличением ширины сфинктера эхогенность увеличивается, при этом теряется контрастность, предположительно из-за относительного увеличения содержания фиброэластических волокон в мышце с возрастом. Наружный и внутренний сфинктеры, а также продольная мышца обладают средней эхогенностью. Межсфинктерное пространство часто дает интенсивное отражение.