МРТ обеспечивает снимки с превосходной дифференцировкой тканей, хотя разрешение изображения сфинктера заднего прохода при использовании получающей катушки для всего тела невелико. При использовании эндоанальной получающей катушки пространственная разрешающая способность значительно возрастает в радиусе 4 см, что позволяет выполнять снимки сфинктеров с максимальной дифференцировкой тканей и пространственной разрешающей способностью. Внутренние катушки имеют прямоугольную или седловидную форму, размеры 6—10 см в длину и 7—12 мм в диаметре. Размеры увеличиваются до 17—19 мм после обшивки ацеталевым гомополимером (дельрин).
Катушку устанавливают в левое латеральное положение и закрепляют с балластом или с удерживателем во избежание искажения при движении.
Применение эндоанальной МРТ и установка анатомических корреляций с препарированными образцами позволило сделать много открытий, касающихся анатомии данной области. На Т2-усиленных снимках наружный сфинктер и продольная мышца дают сравнительно слабый сигнал. Внутренний сфинктер возвращает сравнительно сильный сигнал, усиленный гадолинием (внутривенное контрастное вещество, применяемое при МРТ). Субэпителиальные ткани обладают средним значением интенсивности сигнала в сравнении с наружным и внутренним сфинктером.