Начало симптомов пневмоцистной пневмонии трудноуловимо: учащается дыхание при нормальной температуре тела.
По мере прогрессирования появляется втяжение межкостных промежутков, яремной ямки, области мечевидного отростка, раздувание крыльев носа, цианоз. Спорадическая форма пневмоцистной пневмонии встречается у людей с иммунодефицитами. Обычно внезапно возникает гипоксия, лихорадка, одышка, кашель, затем к ним присоединяется раздувание крыльев носа и цианоз, хотя выраженность клинических проявлений может быть различной. Хрипы при физикальном обследовании обычно не выслушиваются. Большинство случаев относится ко второму типу заболевания.
На рентгенограммах грудной клетки определяется такой симптом пневмоцистной пневмонии — двустороннее диффузное поражение альвеол с зернистым рисунком. Затенения сначала возникают вблизи ворот легкого, затем распространяются латерально и, наконец, занимают верхушку легкого.
Для постановки окончательного диагноза больному с клиническими проявлениями пневмоцистной пневмонии необходимо доказать присутствие в легких Р. carinii. Адекватные методы получения материала для исследования включают бронхоальвеолярный лаваж, взятие аспирата из трахеи, трансбронхиальную биопсию легкого, щеточную биопсию бронха, чрескожную аспирационную биопсию легкого и открытую биопсию легкого. Диагностике помогает исследование мокроты, полученной после стимуляции ее отхождения, однако отсутствие Р. Carinii не позволяет исключить пневмоцистную пневмонию. Наиболее надежный метод диагностики — открытая биопсия легкого, но в большинстве случаев более практичен бронхоальвеолярный лаваж. Используют четыре метода окраски: по Грокотту-Гомори и окраска толуидиновым синим — для цист; полихромная окраска, такая как окраска по Гимзе, — для трофозоитов и спорозоитов; окраска флюоресцирующими моноклональными антителами — для трофозоитов и цист. ПЦР с материалом из дыхательных путей обещает стать методом экспресс-диагностики, однако стандартизованная система для клинического применения все еще не разработана.