В этиологии ВИЧ главную роль играют две разновидности вируса — ВИЧ-1, ВИЧ-2 относящиеся к роду лентивирусов, входящих в семейство ретровирусов. Род лентивирусов также включает цитопатические вирусы, которые вызывают несходные заболевания у нескольких видов животных.
В каждом вирионе содержится две копии генома. Геном ВИЧ-1 состоит из одноцепочечной РНК, содержащей около 9200 нуклеотидов. На обоих концах генома имеются одинаковые участки, названные длинными терминальными повторами; здесь находятся гены регуляции и экспрессии ВИЧ. Остальная часть генома состоит из трех крупных участков: GAG, в котором закодированы белки сердцевины вируса; POL, кодирующего ферменты вируса (например, обратную транскриптазу, протеазу и интегразу); ENV, в котором закодированы белки оболочки вируса. Прочие регуляторные белки, участвуют в трансактивации, экспрессии вирусной мРНК, репликации вируса, остановке клеточного цикла, проникновении в ядро клетки комплексов обратной транскриптазы вируса, снижении количества поверхностных рецепторов CD4 и HLA типа I, синтезе провирусной ДНК и выделении вируса.
Основным белком оболочки ВИЧ-1 служит сильно гликозилированный gpl20, который связан с трансмембранным гликопротеидом gp41. Иммуногенные свойства gp41 выражены очень сильно, что используется в диагностике ВИЧ-инфекции (определение антител к ВИЧ-1). Гликопротеид gpl20 представляет собой сложную молекулу с гипервариабельной V3-петлей. Гетерогенность gp120 служит главным препятствием на пути создания эффективной вакцины против ВИЧ. На gpl20 также находится участок связывания для молекулы CD4 — наиболее распространенного рецептора клеточной поверхности Т-лимфоцитов. В качестве корецепторов гликопротеидов оболочки вируса выступает несколько хемокинов, которые позволяют вириону слиться с мембраной и проникнуть в клетку. Большинство штаммов обладают специфическим тропизмом к одному из хемокинов. Было показано, что молекула, индуцирующая слияние, CXCR-4, действует как корецептор прикрепления этиологического агента ВИЧ к лимфоцитам, aCCR-5, рецептор Р-хемокина, облегчает проникновение вируса в макрофаги. In vitro некоторые из остальных рецепторов хемокинов (например, CCR-3) тоже служат корецепторами.
В других механизмах прикрепления ВИЧ к клеткам участвуют противовирусные антитела, не способные нейтрализовать вирус, и рецепторы комплемента. Fab-фрагмент упомянутых антител прикрепляется к поверхности вируса, а Fc-фрагмент связывается с клетками, которые экспрессируют рецепторы Fc (например, с макрофагами, фибробластами), что способствует поступлению вируса в клетку. Другие рецепторы клеточной поверхности, такие как белок макрофагов, связывающий маннозу, и DC-специфичный лектин типа С дендритных клеток, тоже связываются с гликопротеидами оболочки ВИЧ-1 и повышают инфекционность вируса. Вслед за прикреплением вируса gp-120 и молекула CD4 меняют конформацию, agp41 взаимодействует с рецептором слияния на клеточной поверхности. Слияние вириона с клеточной мембраной позволяет вирусной РНК проникнуть в клетку. Затем с помощью обратной транскриптазы вируса на матрице РНК синтезируются копии вирусной ДНК, удвоение копий ДНК приводит к образованию двухцепочечной кольцевой ДНК. Обратная транскриптаза ВИЧ-1 подвержена ошибкам и лишена механизма их коррекции. Таким образом, возникает множество мутаций, приводящих к огромным отличиям генома штаммов ВИЧ, даже у отдельного больного. Кольцевая ДНК транспортируется в ядро клетки, где она интегрируется в ДНК хромосом, и ее рассматривают как провирус. Провирус может оставаться в латентном состоянии длительное время и не служит этиологией ВИЧ. В зависимости от относительной экспрессии регуляторных генов вируса провирусная ДНК может кодировать образование РНК-генома вируса, что в свою очередь, ведет к синтезу вирусных белков, необходимых для сборки вирионов.
За транскрипцией ВИЧ-1 следует трансляция. Полипротеин капсида расщепляется с образованием в числе прочих ВИЧ-протеазы — данный фермент имеет решающее значение для сборки ВИЧ-1. Разработано несколько ингибиторов ВИЧ-протеазы, направленных на повышенную чувствительность вирусной протеазы, отличающуюся от чувствительности клеточных протеаз. После сборки капсида вируса в него интегрируется РНК-геном. Когда формирование вириона закончено, он отпочковывается от клеточной мембраны.
Многообразие этиологии ВИЧ (группы М [основная], О [неосновная], N [ни М, ни О]), вероятно, возникло вследствие многочисленных зоонозных инфекций, источником которых послужили приматы в различных географических регионах. Группа М подразделяется на несколько подтипов — от А до Н. В каждом регионе преобладают определенные подтипы. Например, подтип В обнаруживается в Южной Америке, подтип Е — в Таиланде, а подтип С — в Южной Африке. У некоторых больных имеются смешанные подтипы ВИЧ вследствие рекомбинации вируса, кроме того, сообщалось о некоторой перекрестности между группами (например, между М и О).
ВИЧ-2 поражает детей редко и в основном распространен в Западной и Южной Африке. Определение этиологии ВИЧ при инфекции вирусом 2 типа затруднено, поскольку стандартные наборы для серологической диагностики специфичны к антителам против ВИЧ-1 и могут давать неопределенные результаты с антителами против ВИЧ-2. Если подозревается, что этиология инфекции — ВИЧ-2, следует использовать специальный тест, выявляющий антитела к пептидам этого типа вируса.