Патогенез ГЭРБ зависит от продолжительности контакта рефлюксного содержимого со слизистой пищевода зависит от числа эпизодов рефлюкса в единицу времени, времени и степени эффективности перистальтики пищевода, которая элиминирует заброшенное из желудка содержимое.
Кроме того, в патогенезе ГЭРБ имеется зависимость от нейтрализации кислоты слюной. Соляная кислота, пепсин совместно более интенсивно действуют, чем по отдельности, повреждающее действие на слизистую, а задержка кислотного рефлюктата в пищеводе способствует развитию эрозивного рефлюкс-эзофагита с последующим формированием язв. Кроме желудочного содержимого повреждающим действием на пищевод обладает и дуоденальное содержимое — трипсин и деконъюгированные желчные кислоты — холаты: хенодеоксихолат и деоксихолат, которые вызывают повреждение слизистой пищевода, способствуя развитию алкалинового рефлюкс-эзофагита. Конъюгированные желчные кислоты могут вызывать повреждение пищевода при кислой pH, а неконъюгированные кислоты и трипсин — только при значениях pH выше 7. Растворимые желчные кислоты проникают в клетки слизистой в неионизированной липофильной форме, аккумулироваться там в концентрации, превышающей внутрипросветную в 8 раз, и таким образом вызывать повреждение клеточных мембран. Проникновение желчных кислот в клетки эпителия слизистой оболочки пищевода и их аккумуляция являются рН-зависимыми процессами и более выражены в кислой среде. Повреждающий эффект желчи на слизистую оболочку зависит не только от внутрипросветной концентрации желчных кислот, но также от уровня внутрипросветного pH и времени экспозиции. Кроме того, способствует повреждению слизистой пищевода и панкреатический фермент трипсин.
Имеются данные о возможном наследственном риске заболевания ГЭРБ. Генетические исследования показали аутосомно-доминантное наследование с локализацией гена, ответственного за наследование тяжелой формы ГЭРБ.
В последние годы был описан феномен «ночного кислотного скачка», представляющего собой продолжительное снижение pH ниже 4 во время ночного сна. Данный скачок отзывают с увеличением концентрации гистамина. Эпизоды ГЭР, возникающие в этот период, оказывают наиболее интенсивное повреждающее действие на слизистую пищевода.
Определенная косвенная роль в патогенезе ГЭРБ отводится диетическим факторам и вредным привычкам. Умеренное употребление алкоголя увеличивает время нахождения рефлюктата в дистальном отделе пищевода и нарушает нормальный кислотный клиренс в положении лежа на спине. Также употребление алкоголя приводит к снижению давления НПС. Табакокурение приводит к увеличению числа шизодов рефлюкса, нарастанию кислотной экспозиции н пищеводе и уменьшает давление НПС.
Роль инфекции Helicobacter pylori в развитии ГЭРБ остается противоречивой. Имеются доказательства, что H. pylori у некоторых пациентов способствует защите от формирования ГЭРБ и ее осложнений.
Также в механизмах формирования ГЭРБ определенное шачение отводится медикаментам, снижающим тонус НПС: трициклическим антидепрессантам, холинолитикам, ксантинам, гистаминоблокаторам, нитратам, опиатам.
Важное значение в патогенетических механизмах ГЭРБ имеет нарушение клиренса пищевода, который зависит от саливации, кровоснабжения пищевода, эффективной перистальтики пищевода. Частота двигательных нарушений пищевода возрастает прямо пропорционально тяжести эзофагита.