Ревматоидный артрит характеризуется персистирующей активацией клеток, аутоиммунными реакциями и наличием иммунных комплексов в очагах суставного и внесуставного поражения. Данные изменения приводят к хроническому воспалению, формированию гранулем и разрушению сустава. На ранней стадии наблюдаются отек и уплотнение синовиальной мембраны и подлежащих соединительных тканей, которые инфильтрированы лимфоцитами (особенно СД4+ Т-клетками), плазматическими клетками и макрофагами. Во время активной фазы заболевания появляется выпот синовиальной жидкости в суставную щель. Гипертрофия синовиальной мембраны развивается одновременно с формированием лимфоидных фолликулов, имеющих сходство с иммунологически активными лимфоузлами. Воспалительная грануляционная ткань (паннус) распространяется на области, расположенные выше и ниже суставного хряща, который постепенно подвергается эрозии и разрушается. Позднее может возникать фиброзирующий или костный анкилоз. Мышцы, связанные с воспаленными суставами, атрофируются и могут подвергаться очаговой инфильтрации лимфоцитами.
Центральная часть подкожных узлов состоит из фибриноида, окруженного рядом пролиферирующих мононуклеарных клеток. Идентичные гранулематозные очаги поражения могут возникать в плевре, легких, перикарде и склерах. В большинстве случаев лимфоузлы увеличены, с множественными лимфоидными фолликулами, в которых визуализируются крупные зародышевые центры и многочисленные плазматические клетки в синусах и медуллярных связках. Иммунофлюоресцентным методом подтверждается синтез антител к «ревматоидному фактору» плазматическими клетками синовиальной оболочки и лимфоузлов.