Нельзя не отметить достаточно серьезные недостатки эндоскопической хирургии на современном этапе ее развития: во-первых, сомнения в радикальности ее применения при опухолях; во-вторых, технические ограничения (двухмерность изображения, несовершенство инструментария, ограниченность действий хирурга), в-третьих, организационные проблемы (дороговизна операций, необходимость развития широкой сети учебных центров и реорганизация лечебной работы больниц).
Есть и проблемы современной эндоскопической хирургии, тормозящие ее развитие и определяющие сдержанное отношение к ней: технические — это недостаток оборудования вообще, отечественного в частности; медицинские — естественный профессиональный консерватизм врачей и организаторов здравоохранения, плохое использование оборудования, «диагностическая» направленность эндоскопии, невысокий уровень исследований, недостаточный уровень профессионального мастерства.
Говоря о проблемах современной эндоскопической хирургии, нельзя не отметить и ряд других. Например, работа гибкими эндоскопами осуществляется по старым традициям — мало используются видеоэндоскопические камеры с мониторами и видеоэндоскопы, облегчающие проведение исследований и операций и открывающие широкие возможности документирования материала. Что касается лапароскопической техники, то необходимо отметить недостаточную разрешающую способность (разрешение 400-600 строк) мониторов, двухмерность изображения, несовершенство многих инструментов, фиксированность точки обзора введенной камеры и ограниченность движений инструментами, статичность положения хирургов. Создание пневмоперитонеума и постоянное поддержание его в течение всей, порой длительной операции создают определенные проблемы и ограничивают применение лапароскопических операций у лиц с сердечно-сосудистыми и легочными заболеваниями. Этот факт привел к разработке техники безгазовой лапароскопии, суть которой состоит в том, что операционное пространство создается за счет приподнимания передней брюшной стенки с помощью разнообразных ретракторов. Несмотря на недостатки эндоскопической хирургии, лечение рака с помощью этого метода столь же эффективно, как и с помощью открытой хирургии.
Из организационных проблем, не зависящих от врачей, непосредственных исполнителей, нельзя не видеть отсутствие стимулов в работе врачей (не учитываются профессиональные вредности, например, при проведении рентгеноэндоскопических операций), порочность системы централизованных закупок (закупается не лучшее, некомплектное оборудование), недостаточную организацию системы эндоскопической службы, отсутствие координирующих органов, малую сеть учебных центров. Как ни странно, но выделение в свое время специальности «врач-эндоскопист» играет сейчас отрицательную роль, ибо сделало эндоскопистов «исследователями», оторвало их от больных, от хирургии, от ответственности, значительно сузило их профессиональный кругозор. Только инициативные и чрезвычайно ответственные врачи развивают новое направление — эндоскопическую хирургию, будущее которой — в активной позиции хирургов, ученых и руководителей здравоохранения.