В типичном случае коклюш длится около 6 недель и делится на 3 периода: катаральный, период спазматического кашля и разрешения.
Инкубационный период продолжается 3-12 дней. Катаральный период начинается с неспецифических симптомов: насморк, которому может сопутствовать субфебрильная температура тела, чиханье, слезотеченье, полнокровие, конъюнктив. Затем указанные симптомы ослабевают, и начинается второй период — спазматического кашля. Кашель с самого начала непродуктивный и протекает как приступ, что есть отличительным признаком коклюша у ребенка. До 3 мес. болезнь нередко не имеет выраженной периодичности. Приступ может провоцироваться чем-нибудь (ветерок, свет, звук, дотрагивание). Грудной ребенок пугается, начинает задыхаться и размахивать конечностями, его лицо краснеет. Кашель в виде хрюкающего выдоха может быть не сильно выражен. Репризы (свистящие вдохи) до 3 мес. наблюдаются нечасто из-за утомляемости и слабости мускулатуры, которая вследствие этого не может быстро создать отрицательное давление в грудной клетке. Ребенок до 2 лет, выглядя здоровым, после аналогичных незначительных провоцирующих факторов внезапно может схватиться за успокаивающего его взрослого или родителя. Затем начинается приступ кашля, который ничем нельзя прервать. Когда кашель кончается, ребенок делает громкий вдох. Взрослые описывают внезапное удушье, за которым следует непрерываемый кашель, чувство нехватки воздуха, «разрывающая» головная боль, неотчетливое восприятие окружающего. После приступа взрослый задыхается, ловит воздух ртом, но реприз обычно не бывает. Приступ кашля часто завершается рвотой — у подростков и взрослых этот признак нередко становится ключом к диагнозу. По окончании приступа кашля типично чувство изнеможения. Число, тяжесть приступов кашля нарастают за несколько дней — недели, а затем остаются на одном уровне несколько дней, недель. В период максимальной выраженности признаков коклюша у ребенка может наблюдаться более 1 приступа в час. С переходом коклюша в период разрешения количество, тяжесть и продолжительность приступов уменьшаются. Парадоксально, но у грудных детей в период разрешения кашель, репризы, другие признаки коклюша у ребенка могут стать громче и приобрести классический характер.
У привитых детей все периоды коклюша короче. У взрослых нет четкого разграничения стадий. У детей до 3 мес. катаральный период длится несколько дней или вообще не распознается; за начало болезни принимают появление апноэ, приступов удушья или кашля с затрудненным вдохом. Период разрешения включает периодические пароксизмы кашля в течение первого года жизни, утяжеляющиеся на фоне инфекций (это не связано с повторным инфицированием или активацией инфекции, вызванной В. pertussis).
Физикальное обследование обычно не дает значимых результатов и не обнаруживает признаков коклюша у ребенка. Признаки поражения нижних дыхательных путей нехарактерны. Часто обнаруживаются субконъюнктивальные кровоизлияния и петехии на верхней половине туловища.