Человечество пережило пандемии чумы трижды, и две последние были вызваны родственной Yersinia pestis. Недавнее исследование показало, что все современные разновидности бактерии являются прямыми потомками той самой Чёрной чумы. Историю чумы прослеживают по историческим описаниям современников, которые не ориентировались в её природе. До открытия Yersinia pestis, «чумой» или «мором» называли любую эпидемию. К примеру, Афинская чума, разразившаяся во время Пелопоннесской войны конца V века до нашей эры, угробившая 30 тысяч человек и предводителя афинян Перикла, вовсе не была чумой. ДНК из зубов нескольких человек, захороненных на древнем афинском кладбище Керамекос, принадлежала Salmonella enterica (Typhi).
А вот первая настоящая эпидемия чумы была вызвана бактерией, пришедшей из ниоткуда и туда же ушедшей, будем надеяться, навсегда. Юстинианова чума появилась в столице Византии Константинополе в 532 году и до конца VI века распространилась по всей Европе. Есть предположение, что занесли её кораблём из Африки, но только предположение. В 541–542 годах погибло почти 40% населения столицы, убила она и императора Юстиниана I. Пандемия унесла жизни 25 миллионов европейцев, ополовинив население. Вспыхивавшая, а затем затихавшая, она продолжалась волнами до 700 года, унеся с собой 100 миллионов, и положив начало «Тёмным векам» Европы.
Пришедшая с торговыми кораблями в Сицилию в середине XIV века и не стихавшая на протяжении почти трехсот лет, знаменитая Чёрная смерть всего за четыре года, с 1347 по 1351, унесла жизни порядка 50 млн человек. Из Италии она расползлась по всей Европе до холодной Гренландии, проникла на северное побережье Африки, достигла Аравии. Не обошла Чёрная смерть и Россию, занесли её из Скандинавии в 1349 году. Сначала в Пскове и Новгороде чума убила примерно половину населения. По свидетельству Карамзина, целиком вымерли Глухов и Белозёрск.
Учёные восстановили геном Yersinia pestis 650-летней давности, добыв материал из лондонских чумных захоронений. Оказалось, что за семь веков геном возбудителя болезни изменился несильно.
Считается, что бактерия всю свою историю существует в популяциях грызунов, и редкие мутирующие штаммы становятся опасными для человека. Но возбудители Юстиниановой чумы и Чёрной смерти не родственники, оба штамма пришли из природных резервуаров независимо. Это стало ясно после реконструкции генома Yersinia pestis, выделенного из двух зубов, найденных на средневековом кладбище баварского города Ашхейма. Углеродная датировка установила принадлежность зубов людям, жившим в начале-середине VI века, в то самое время, когда чума косила население Константинополя. По всей видимости, возбудитель появился не в Африке, как считалось ранее, а в Азии.