Взаимодействие фагов с бактериями, как и у других вирусов, может протекать по продуктивному, абортивному и интегративному типам. При этом для вирулентных фагов характерен продуктивный тип взаимодействия, а для умеренных — интегративный.
Типичные вирулентные фаги взаимодействуют с клеткой следующим образом:
- специфическая адсорбция на рецепторах бактерии, находящихся в липопротеиновом, липополисахаридном слоях, тейхоевых кислотах, Vi-антигене, на жгутиках;
- при помощи фибрилл фаг прикрепляется к клетке;
- чехол хвостового отростка сокращается,стержень при помощи лизоцима «просверливает» оболочку клетки, геном фага по стержню проходит внутрь клетки, а вся белковая часть фага остается снаружи;
- репродукция вируса, образование вирусных частиц и их самосборка;
- накопление 200-300 фаговых частиц (около получаса) и выход из клетки путем ее лизиса.
Умеренные фаги не репродуцируются в зараженной клетке, а встраивают свой геном в хромосому бактерии. Такая встроенная ДНК бактериофага называется профагом, само явление — лизогенией, а культура бактерий, содержащая профаг, — лизогенной.
Повторно клетка не может быть заражена таким же фагом. Ассоциация фаговой ДНК с геномом может качественно изменять свойства бактерии. Например, фаговая ДНК может кодировать факторы патогенности (экзотоксины или адгезины). Умеренный фаг передается вместе с геномом клетки дочерним популяциям при делении митозом.
Примерно в одной из нескольких тысяч бактерий умеренный фаг спонтанно переходит на литический цикл, размножается как вирулентный и уничтожает бактериальную клетку. При этом фаги могут захватывать некоторые гены бактерий и, инфицируя затем другую клетку, передавать ей новый генетический материал — трансдукция.