3 мм это уже дырка, а не микроперфорация, однако, я бы не трогала пока.
С другой стороны, если он выдаст в скором времени перитонит, то по шапке можно получить.
Клиппировать эндоскопические можно, но тут тоже палка о двух концах: пока есть дырка абсцесс, если такой имеется, дренируется в просвет кишки. Заклипировав, рискуем абсцесс и свищ. Я бы, наверное, на антибиотиках подержала товарища. После а/б терапии жировая ткань послужит заплаткой какое-то время.
Ну или пусть подписывает соглашение и идет на стол сейчас, только ему надо разложить подробно все варианты и пусть выбирает.