Причина выпадения прямой кишки неизвестна. Патологическое состояние главным образом обусловлено формой прямой и сигмовидной кишки со значительным отличием их диаметров. Иная причина — состояние тазового дна, что подтверждает большое количество пациентов с анальной инконтиненцией, предшествующей операции. Сочетание этих двух факторов также имеет место. Однако нередко наблюдают сочетание выпадения прямой кишки со слабостью тазового дна и удлиненной сигмовидной кишкой. Оба этих фактора, вероятно, служат причиной рецидива ректального пролапса независимо от того, какой вариант лечения проведен. Деторождение, вероятно, играет ограниченную роль в патогенезе данного страдания.
Роль генетического фактора в патогенезе выпадения прямой кишки аргументируют редкими наблюдениями заболевания в семьях, а также у больных с синдромом Элера-Данлоса IV.